何度も述べていますように、キーボード派にとって AutoHotkey は欠かせぬフリーソフトです。ただ何もかもをスタートアップに入れた AutoHotkey の ahk ファイルで済ませようとすると、記述が入り乱れて後々編集したりするときに頭の中の整理が大変です。
そこで私がやっているのが、使用するプログラムごとの ahk ファイルの作成です。メーラーを使用するときには、mail.ahk、Firefox を使用するときには、firefox.ahk、Chrome を使用するときには、chrome.ahk といった具合です。
元々の ahk ファイルにはそれぞれのプログラムを起動するキーを決めておき、そのときそれ用の ahk ファイルも同時に起動するように設定します。プログラムを閉じるときも同様に、それ用の ahk ファイルも閉じるようにします。ただしこのときには ahk ファイルは水面下で動いていますので、WinClose は効きません。ahk ファイルそのものに例えば、 ^!q:: EXitApp と記載し、プログラム停止キーコマンドに同時に Send,^!q を行います。個別の ahk ファイルを同時に起動する場合には、この例に用いた ^!q をそれぞれで変更をする必要がありますが、私の経験ではこのように整理しておく方がずっと便利です。
お試しください。
